Odjeljenje animalne proizvodnje se bavi stručnim i drugim poslovima iz nadležnosti Federacije BiH koji se odnose na uzgojno – selekcijski rad u stočarstvu i edukaciju farmera (Zakon o izmjenama i dopunama Zakona o federalnim ministarstvima i drugim tijelima federalne uprave („Službene novine Federacije BiH“, 38/5). Specifični zakonski okvir radu odjeljenja daje Zakon o stočarstvu („Službene novine Federacije BiH“ 66/13) u kojem su definisani konkretni poslovi u oblasti animalne proizvodnje kojima se bavi Federalni zavod za poljoprivredu Sarajevo. Odredbe ovog zakona se odnose na uzgoj: goveda, svinja, koza, ovaca, konja, magaraca, kunića, peradi, pčela i drugih vrsta domaćih životinja koje imaju privrednu namjenu. U skladu sa navedenim zakonima i drugim srodnim zakonskim propisima na nivou Federacije BiH i državnom nivou kojima se obaveze i ovlasti Zavoda proširuju, kao i u skladu sa Uredbom o načelima za utvrđivanje unutrašnje organizacije federalnih organa uprave i upravnih organizacija utvrđena je organizacija i rad Odjeljenja animalne proizvodnje. Odjeljenje svoje poslove izvršava u okviru dvije unutrašnje organizacione jedinice.
– Odsjek za uzgojno selekcijski rad u stočarstvu – Odsjek za ishranu, uslove držanja i zaštitu domaćih životinja Rukovodilac:Samir Čamdžija
Odsjek za animalnu proizvodnju vrši stručne i druge poslove koji se odnose na : izradu i provođenje mjera uzgojno selekcijskog rada u stočarstvu; praćenje i razvoj animalne proizvodnje; edukaciju farmera; učešče u izradi zakona iz oblasti stočarstva; donošenje stručnih uputstava za unapređenje i razvoj stočarstva.
Odsjek za ishranu, uslove držanja i zaštitu domaćih životinja vrši stručne i druge poslove koji se odnose na: Izradu studijsko-analitičkih, informacionih i stručnih dokumenata iz oblasti ishrane domaćih životinja; zootehničkih i zoohigijenskih uslova držanja i zaštite domaćih životinja.