Odsjek za zaštitu zdravlja bilja vrši stručne i druge poslove koji se odnose na: pračenje i posmatranje razvoja štetnih organizama koji su prisutni na biljkama, biljnim proizvodima i reguliranim objektima i određivanje optimalnog vremena za njihovo suzbijanje; praćenje stanja u oblasti primjene fitofarmaceutskih sredstava i određivanje optimalne doze kod tretiranja štetnih biljnih organizama; evidentiranje izbijanja povećane populacije štetnih organizama (epifitocije), predviđanje razvoja pojave štetnih organizama na temelju relevantnih podataka; pružanje meteoroloških, bioloških i drugih podataka u svrhu promatranja i predviđanja pojave štetnih organizama – uspostava IPS-a; vršenje osnovne terenske dijagnostike štetnih organizama; izdavanje upozorenja i sprječavanje širenja štetnih organizama putem savjeta i uputstava za upotrebu proizvoda za zaštitu zdravlja bilja i putem izvještavanja javnosti i relevantnih servisa; edukacija vlasnika iz oblasti primjene aktivnosti vezanih za zdravlje bilja; vršenje specijalnih laboratorijskih testova bilja, biljnih proizvoda i reguliranih objekata u svrhu dijagnosticiranja štetnih organizama; pružanje stručnog mišljenja u svezi zdravlja bilja; stručno usavršavanje osoba odgovornih za zdravlje bilja vezanih za izdavanje putovnica za bilje; izdavanje biljnih putovnica; vršenje naučno-istraživačkih i razvojnih aktivnosti; vršenje dezinfekcije i deratizacije radi zaštite zdravlja bilja; ostvarivanje saradnje sa nadležnim institucijama i organizacijama iz oblasti zaštite zdravlja bilja i obavljanje drugih poslova iz nadležnosti Odsjeka.
