Odsjek za kontrolu sjemena, dijagnostiku štetnih organizama i GMO-a, kroz svoje laboratorijske aktivnosti, vrši stručne poslove u oblasti kontrole kvaliteta sjemena i sadnog materijala; kontrolu prisustva karantenskih i ekonomski štetnih organizama, uzročnika biljnih bolesti na sjemenu i sadnom materijalu u unutarnjem prometu i za izvoz, kao i kontrolu kvalitete uvezenog sjemena; izdaje izvještaje o kvalitetu iz domena laboratorijskih analiza u svrhu službenog certificiranja. Od 2013. godine Laboratorij je punopravni član International Seed Testing Association (ISTA), s ISTA kodom BA02. Sva ispitivanja se provode u skladu sa legislativom BiH, ISTA pravilima i EPPO protokolima. Laboratorija je prema važećem Pravilniku o uslovima koje moraju ispunjavati laboratoriji za ispitivanje, kontrolu i praćenje GMO-a i proizvoda koji sadrže i/ili se sastoje ili potječu od GMO-a, uspio da ispuni uslove i od 2009. godine dobije ovlaštenje za testiranje, kontrolu i praćenje genetički modificiranih organizama. Nakon dokazivanja kompetentnosti Laboratorij je od 2010. godine ovlašten od strane Uprave BiH za zaštitu zdravlja za kontrolu karantenskih štetnih organizama na krompiru u Bosni i Hercegovini. Laboratorij sudjeluje u Proficiency testovima koje organizira ISTA, Ring testovima koje organiziraju drugi akreditirani laboratoriji u susjednim zemljama, te organizira i provodi međulaboratorijske provjere za domaće laboratorije. Od 2013. godine Laboratorij je akreditiran od strane Instituta za akreditiranje BiH prema standardU BAS EN ISO/IEC 17025 za GMO ispitivanja.
